病原治疗同另两种衣原体感染，对四环素类、红霉素及氟喹诺酮类药物均极敏感，对磺胺耐药，故常用四环素或红霉素，2g/d，分4次口服。亦可用多西环素（doxycyc1ine）0.1g/次，2次/d，疗程3周。孕妇、哺乳期妇女及儿童禁用四环素和喹诺酮类药物。儿童（包括婴幼儿）可用克拉霉素（克拉红霉素），有较好的疗效。部分病例停药后可复发，尤其是用红霉素治疗者，再用四环素或多西环素治疗仍有效。近年来发现新型大环内酯类抗生素的阿奇霉素，在体外药敏试验对肺炎衣原体呈高敏反应，易进入细胞内，细胞内浓度是血浓度的%，半衰期长，成人1g/次，1次/d，顿服，具高效和低胃肠道反应的优点。有报告认为阿奇霉素联合利福平是本病最佳治疗方法。另经多中心临床试验证实，对3～12岁儿童用克林霉素15mg/（kg.d）、红霉素50mg/（kg.d）或阿奇霉素10mg/（kg.d）均有效。