任何一种药物都不能包治百病，如果使用不当，不仅不能防治疾病，甚至还可能使疾病加重，造成更大的经济损失。
不同的鱼药针对不同的鱼病才能奏效。一般来讲，细菌性鱼病应使用抗菌类药物外消加内服；寄生性鱼病则应选用灭虫类药物全池泼洒或药浴。
在选择鱼药时，应注意避免长期使用同一种药物来防治某一种或某一类疾病，以免使病原体产生抗药性，从而导致药效减退甚至无效。
此外，选择的药物要注意养殖种类对药物的适应性，如敌百虫常用于鲢、鳙、草、鲤鱼等，而不能用于加州鲈、淡水白鲳等无鳞鱼类。
另外，不同鱼类的不同生长阶段对同一药物的反应亦不相同，如草、鲢等鱼类对硫酸铜较敏感，浓度超１克／立方米可能致死，而淡水白鲳在其浓度达５克／立方米时仍有可能无异常反应。
草、鲢等种类的鱼苗对硫酸铜和漂白粉的敏感性比成鱼大，鱼苗消*时要慎用。
对鱼病可以联合用药，原则上它比使用单一药物的治疗效果好得多，但也不是尽善尽美。
联合用药，也就是两种或两种以上的药物在同一时间内使用，但如果配比不恰当，总有一、两种药物的作用受到影响，其产生的协同作用可增强药效，拮抗作用则降低药效，有的还会产生*性对鱼体造成危害。
因此在联合用药时，要利用药物间的协同作用，避免配伍禁忌。
一般来说，不少抗菌素类药物联合使用时也会出现上述协同或拮抗作用。
抗菌药物依其作用性质可分为两类：
第一类为杀菌抗生素。包括青霉素系列、先锋霉素、氨基甙类、杆菌肽、以及多粘霉素等；第一类抗菌素之间合用时，杀菌作用有增强或相加的作用。
第二类为抑菌抗生素。包括氯霉素、四环素、红霉素、土霉素以及磺胺等。第二类抗菌素之间合用时，抑菌作用可相加，但不会出现增强的杀菌效果。
特别注意：第一类与第二类抗菌素合用，则可产生拮抗作用。
除此外，抗菌素类药物与其他药物之间混合使用时，也可能发生相互作用。
例如：磺胺类与甲氧苄氨嘧啶(TMP)、新洁尔来与高锰酸钾、双氧水与冰醋酸、大*与氨水等可产生协同作用增加药效。
而四环素类与抗酸药物中的铝、镁、钙、铁等金属离子可形成螯合物而使肠道难以吸收，从而降低了抗生素的作用，应特别加以注意。
鱼药在使用方法上有它的独特性。所以绝大多数的外用药，多少都会受到水介质的影响。在多种药物同时使用的情况下，互相之间影响尤为明显。
如常用的生石灰，它不仅与硫酸铜、漂白粉和富氯有拮抗作用，而且也受水中磷或铵氮的影响，同样磷或铵氮也会与生石灰作用而降低肥效，因此在生产中使用时应前后错开５~７天。
而生石灰与敌百虫相遇时，则会起到药物的协同性，能使部分敌百虫变成*性更强的敌敌畏，这就是我们常用的敌百虫与面碱合剂，可能就是会产生高药效的根本原因。
还有，常用的硫酸铜与硫酸亚铁合剂，也是利用药物间的协同性，来更好的发挥药效，但硫酸铜在碱性水质或与食盐相遇，就会产生药物之间的拮抗性，而影响药效。
因此，在多种药物综合防治疾病时，一定要注意它们之间拮抗性和协同性，根据具体情况，来确定药物的使用方法和增减它们的剂量。
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