在临床上，我们利用抗生素药物的抑菌或杀菌作用来治疗动物的感染性疾病，常见使用的抗生素种类很多，但抗菌的机理基本上有如下几种：
阻碍细菌细胞壁的合成
阻碍细菌细胞壁的合成，导致细菌在低渗透压环境下溶胀破裂死亡，以这种方式作用的抗生素主要是β-内酰胺类抗生素（头孢类药物和阿莫西林类药物）。哺乳动物的细胞没有细胞壁，不受这类药物的影响。
与细菌细胞膜相互作用
与细菌细胞膜相互作用，增强细菌细胞膜的通透性、打开膜上的离子通道，让细菌内部的有用物质漏出菌体或电解质平衡失调而死。以这种方式作用的抗生素有多粘菌素和短杆菌肽等。
与细菌核糖体或其反应底物相互所用
与细菌核糖体或其反应底物（如tRNA、mRNA）相互所用，抑制蛋白质的合成——这意味着细胞存活所必需的结构蛋白和酶不能被合成。以这种方式作用的抗生素包括四环素类抗生素、大环内酯类抗生素、林可酰胺类、氨基糖苷类抗生素、氯霉素、磺胺类等。
阻碍细菌脱氧核糖核酸的复制和转录
阻碍细菌脱氧核糖核酸的复制和转录，阻碍DNA复制将导致细菌细胞分裂繁殖受阻，阻碍DNA转录成mRNA则导致后续的mRNA翻译合成蛋白的过程受阻。以这种方式作用的主要是人工合成的抗菌剂喹诺酮类（如很多沙星类药物）。
两类抗生素
与细胞壁或细胞膜作用的两类抗生素，是以破坏菌体完整性的方式杀死细菌，故可称为杀菌剂（Bactericidalagent）；另外两类抗生素则是靠抑制细菌大分子合成的方式，阻断其繁殖，故又可称之为抑菌剂（Bacteriostaticagent）。
在兽医对动物的治疗中，最常使用的抗生素是β内酰胺类药物（头孢类药物和阿莫西林类药物），达到55%以上（Paper：Antibioticsusedmost