幽门螺杆菌的治疗方案包括三联疗法和四联疗法，以质子泵抑制剂（PPI,如奥美拉唑、埃索美拉唑等）加上克拉霉素、青霉素（或四环素）、甲硝唑（或替硝唑）等抗生素中的2种，组成三联。为了增加疗效，可同时加用铋剂组成四联疗法。服药时间需1周或2周（具体遵医嘱）,注意中间不能擅自停药。
服药时注意，质子泵抑制剂应饭前服用效果更好，其他药物饭后服用。
根治幽门螺杆菌之所以要用药物联合治疗的方法，是由于大多数抗生素在胃内低pH环境中活性降低，不能穿透黏液层到达细菌，因此幽门螺杆菌不易根除。
迄今为止，还没有单一药物能有效根除幽门螺杆菌，因此发展了联合用药治疗方案，应用抗酸剂的目的是提高胃内pH,增强抗生素的作用。铋剂有一定的抗幽门螺杆菌作用。根除治疗的疗效主要取决于抗生素的选择，如果幽门螺杆菌对大部分抗生素耐药，疗效就会较差。
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