幽门螺杆菌一旦确诊感染，通常都是主张根除治疗的，目前相关指南推荐，根除幽门螺杆菌采用铋剂+质子泵抑制剂+两种抗菌药物的四联方案，疗程10-14天，抗菌药物是根除幽门螺杆菌感染的关键因素，铋剂和奥美拉唑等质子泵抑制剂类的抑酸药物都是作为抗菌药物的辅助，如拉唑类药物通过抑制胃酸分泌使胃内的pH升高，提高不耐胃酸的抗菌药物在胃中的药物稳定性，防止被胃酸破坏失
虽然抗菌药物的种类繁多，但是用于根除幽门螺杆菌，指南仅推荐了六种，分别是阿莫西林，呋喃唑酮，四环素和克拉霉素，左氧氟沙星以及甲硝唑，这六种抗菌药物中，根据幽门螺杆菌对抗菌药物的耐药性不同，又分外低耐药组和高耐药组两大类，低耐药组包括阿莫西林，呋喃唑酮和四环素，高耐药组包括左氧氟沙星，甲硝唑和克拉霉素。在选择抗菌药物时，四联方案中的两种药物至少应包括一种低耐药组的品种，如阿莫西林+克拉霉素，也可以选择两种低耐药组的品种，如阿莫西林+呋喃唑酮，阿莫西林+四环素等。抗菌药物在根除幽门螺杆菌感染时都主张饭后服用。
虽然低耐药组有三个品种，但由于呋喃唑酮和四环素临床常常难以获得，实际上最常用的是阿莫西林，阿莫西林属于青霉素类的抗菌药物，是根除幽门螺杆菌首选的一线品种，敏感性强，安全性高，但少数患者使用青霉素类药物会发生过敏性休克的严重不良反应，因此，对这部分人群就不能选择阿莫西林。阿莫西林属于时间依赖性抗菌药物，在治疗其他感染时，通常需要每天服用3-4次，而用于根除幽门螺杆菌，阿莫西林的服用方法与以往不同，采用每天服用2次，每次1g，饭后服药的给药方案。
四环素和呋喃唑酮对幽门螺杆菌非常敏感，但这两类药物临床使用过程中不良反应比较多，四环素类药物的肝肾*性，对血液系统，神经系统的损害，以及骨骼和牙齿的不良影响均限制了其临床应用，呋喃唑酮属于硝基呋喃类抗菌药物，虽然对幽门螺杆菌非常敏感，但这种药物可导致不可逆的外周神经炎，以及血清病样荨麻疹等严重的皮肤反应的不良反应限制了临床应用，目前呋喃唑酮仅推荐用于治疗难以根除的幽门螺杆菌感染，并且剂量上应选择每天2次，每次0.1g的低剂量，饭后服药
克拉霉素属于大环内酯类抗菌药物，对幽门螺杆菌也有一定的杀灭作用，克拉霉素的剂型很多，有普通片、胶囊、颗粒剂、分散片和缓释片和缓释胶囊，，用于根除幽门螺杆菌，应避免使用缓释片和胶囊，因缓释制剂大部分在小肠中释放和吸收，而幽门螺杆菌是寄生在胃粘膜表面的细菌，胃中局部的高浓度更有利于杀菌，因此选择普通片更合适。
甲硝唑属于硝基咪唑类抗菌药物，对幽门螺杆菌也有一定的杀菌活性，但耐药率比较高，因此，如果初次根除治疗时使用了甲硝唑，根除失败后补救方案中再次使用甲硝唑，就需要增加用药频次，应使用每天mg的大剂量，也就是每天服用4次，每次mg，饭后服药
左氧氟沙星属于喹诺酮类抗菌药物，临床使用广泛，耐药率较高，因此，左氧氟沙星一般不推荐用于根除幽门螺杆菌的首次治疗，若首次根除治疗失败，再次进行补救治疗时可以酌情选用，左氧氟沙星用于根除幽门螺杆菌，可以采用一天一次，每次mg顿服的方案，也可以选择每天2次，每次mg，饭后服药