我国蜂蜜主要有三个问题：蜂蜜成熟度不够、掺假混杂、重金属及抗生素残留污染。
成熟度不够是必然的，现在谁还去生产成熟封盖蜜，谁也不会跟钱过不去。掺假可以说得上是行业标准做法，掺玉米糖浆、果葡糖浆，还有一种掺假手法是将百花蜜掺入到单花种蜜中。
抗生素残留这个问题比较严重，但基本没有有效的解决办法。农业生态系统主要由水、土、气候（空气、雨水等）构成，中国农业这三大基本要素都面临严重破坏。看看雾霾吧，你不能说现在的环境是好的。
根据近几年的相关文献显示,我国有80%左右的蜂蜜重金属含量超标。许多污染物能通过土壤、水、植物、空气以及返巢的蜜蜂直接与蜂蜜原材料接触，即与花粉、蜜露、花蜜、植物分泌物接触，造成污染。重金属如汞、镉、铅、砷等均能对人体健康带来严重的危害。少量的重金属对人体的危害极小,而且难以发觉。但是长期食用含有重金属元素的蜂蜜,重金属不会排出体外而是在体内积累,这样的话就可能导致积累中*。
欧洲幼虫腐烂病多发病于春季,有些蜂农为了预防春季此病在蜂群中的爆发,常在蜜蜂的过冬饲料中掺进一些可治疗此病的抗生素,也会导致抗生素在蜂蜜中的残留。
经常食用含有青霉素、四环素、磺胺类药物残留的动物性食品，能引起易感个体出现过敏反应，严重者还有可能造成皮疹、呼吸困难，甚至急性血管性水肿或者休克死亡。而四环素类(Tetracyclines,TCs)抗生素对人体健康的危害主要表现在三致作用（致畸、致癌、致突变）,对肝脏的损害,致使孕妇畸胎,儿童牙齿变*等,严重时甚至危及食用者的生命安全。